甘肃省农垦中等专业学校是一所两校合并的学校，其前身是甘肃省农垦职工中等专业学校和甘肃广播电视大学农垦分校。甘肃省农垦中等专业学校是1984年经省人民政府（甘政发〔1984〕69号）批准设立、甘肃广播电视大学农垦分校系1991年经省教委（甘教委发〔1991〕129号）批准成立，两校均隶属甘肃农垦管理的县级事业单位。
2005年8月，省农垦事业管理办公室批准（甘垦办〔2005〕38号）省电大农垦分校、省农垦中专两校合并，实行一个班子、一套师资、两块牌子的管理体制，校部设在盐场路181号，黄羊校园（甘农大旧址）为教学基地，定为全额拨款县处级事业单位。
2006年7月，经省教育厅和省发改委批准（甘教发〔2006〕84号），学校由成人中专改制为普通中等专业学校。
2010年7月，根据（甘政办〔2010〕11号）和（甘政办纪〔2010〕24号）精神，省教育厅、省农垦事业管理办公室、省发改委、省财政厅、省人力资源和社会保障厅联合下文（甘教厅〔2010〕77号），将甘肃省农垦中等专业学校（省电大农垦分校）整体移交省教育厅管理。
2015年11月，甘肃省农垦中等专业学校牵头挂牌成立了甘肃省电子商务职业教育集团。
2020年12月，甘肃省农垦中等专业学校被甘肃省教育厅 甘肃省财政厅授予甘肃省中等职业教育改革发展示范学校。
2021年3月，甘肃省农垦中等专业学校被甘肃省教育厅、财政厅、人社厅立项甘肃省优质中等职业学校建设计划建设单位。
